История образования больницы берет свое начало еще в 80-е годы XIX века. По ходатайству в Государственную думу Ее Императорского Высочества Евгении Максимилиановны, принцессы Ольденбургской, в 1894 году на базе Общины сестер милосердия имени Святой Евгении на Старорусской улице была основана лечебница для малоимущих.
С 1921 года больница Общины св. Евгении стала носить имя Я.М. Свердлова.
С 1932 по 1990 годы больница им. Я.М. Свердлова, так называемая «Свердловка», обслуживала партийных, советских и хозяйственных руководителей Ленинграда и области, а также ветеранов партии. Все это время в больнице постоянно совершенствовалась лечебно-профилактическая работа. Здесь работали крупнейшие ученые и ведущие специалисты города.
Во время Великой Отечественной войны (1941-1945 гг.) на базе больницы им. Я.М. Свердлова был развернут эвакогоспиталь №51. В память о сотрудниках, погибших на фронтах, на оборонительных работах и от голода в блокадном Ленинграде, в стенах больницы открыта мемориальная доска.
В 1970 году больнице им. Я.М. Свердлова был присвоен №31.
В 1975 году больница была переведена в одно из красивейших мест Санкт-Петербурга - на Крестовский остров, в экологически чистую парковую зону города, в новое современное здание лечебно-диагностического комплекса, где разместились многопрофильный стационар на 405 коек и поликлиника. Второе поликлиническое отделение расположено в здании Смольного.
В 1990 году была реализована новая концепция развития больницы, в результате чего «Свердловка» преобразовалась в Санкт-Петербургскую больницу №31 «Клинический центр передовых медицинских технологий». В больнице были созданы подразделения для оказания высокотехнологичной медицинской помощи, такие как отделения онкогематологии и пересадки костного мозга, отделение хирургического лечения нарушений ритма сердца, в том числе у детей, отделения пересадки почек и гемодиализа. Центр передовых медицинских технологий стал во многом уникальным не только для города, но и для всего Северо-Западного региона, лечебным учреждением.
В конце 90-х - начале 2000-х годов больница пережила общий кризис, характерный для системы здравоохранения страны в целом и нашего города в частности. С 2003 года, наряду с развитием экономики города и позитивными преобразованиями в системе городского здравоохранения, происходит восстановление ранее утраченных позиций одного из ведущих медицинских учреждений города. В коллектив приходят опытные специалисты: ученые и практики, проводится масштабная реконструкция зданий и оснащение современным лечебно-диагностическим оборудованием.
В настоящее время наша больница, Санкт-Петербургское государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Городская клиническая больница № 31», оказывает высокотехнологичную специализированную медицинскую помощь жителям нашего города, медицинскую помощь пациентам по системе обязательного медицинского страхования, по договорам со страховыми компаниями добровольного медицинского страхования, по договорам с благотворительными фондами, организациями и предприятиями.
Вклад коллектива больницы в здравоохранение города был отмечен правительственной наградой – «Орденом Трудового Красного знамени», почетными грамотами и благодарностями Правительства и Законодательного Собрания Санкт-Петербурга. Коллектив больницы является лауреатом международной премии «Профессия - Жизнь» и премии «Золотой пеликан».
Сочетание богатого опыта, бережного поддержания традиций оказания медицинской помощи с постоянным совершенствованием знаний и внедрением новых медицинских технологий позволяют сотрудникам больницы достигать наилучших результатов в диагностике и лечении наших пациентов.